全国で使えるフリースクール向け助成金
お住まいの自治体に制度がなくても、全国どこからでも申請できる民間財団などの助成金があります。運営費・活動費に使えるものを中心にまとめました。
子どもゆめ基金 助成活動
子どもの自然体験・科学体験・読書活動などの体験活動への助成。フリースクールが行うキャンプ・ものづくり・読み聞かせ等の活動も対象になり得ます。活動規模（全国／都道府県／市区町村）により限度額が異なります。任意団体でも応募可能な制度です。※金額は目安。詳細は募集案内要綱をご確認ください。
こどもの未来応援基金（未来応援ネットワーク事業）
貧困の状況にあるこども等に寄り添って草の根で活動するNPO等への支援。経済的困難を抱える子が通うフリースクール・居場所運営が対象になり得ます。事業A：150万円超〜400万円以下／事業B（小規模枠）：150万円以下。対象はNPO法人・公益法人・一般法人・社会福祉法人・ボランティア団体など（理事2名以上）。※直近は2025年8月5日〜9月17日で受付、採択発表は2026年1月27日。
ドコモ市民活動団体助成事業
「不登校・ひきこもり支援」「子どもの居場所づくり」「学習支援」等を明示的に対象としており、フリースクールと特に相性の良い助成です。子どもの健全な育成支援：新規80万円／継続110万円。経済的困難を抱える子ども支援：110万円。要件は活動実績2年以上、日本国内に活動拠点を有する民間非営利団体。任意団体は5人以上・会則・中間支援組織の推薦等が必要。
日本財団「子ども第三の居場所」事業
子どもが安心して過ごせる居場所の開設・運営を支援。建物の新築・改修、送迎車両購入、運営費まで対象（補助率100%以内）。新築・改修は原則上限6,500万円。運営費は自治体が将来継続支援できる規模が条件。対象はNPO法人・社会福祉法人・公益法人・非営利徹底型の一般法人など。※金額・時期は目安です。必ず公式ページで最新の募集要項をご確認ください。
ベネッセこども基金 助成
「経済的困難を抱えるこどもの学び支援」「重い病気を抱えるこどもの学び支援」「災害地のこどもの学び・育ち支援」の3プログラム。学習支援や居場所づくりを行うフリースクールと親和性が高い助成です。※金額・募集期間は公式サイトのPDF（募集要項）にのみ記載されています。必ず各プログラムの募集要項をご確認ください。
休眠預金活用事業
休眠預金を原資に、子どもの居場所づくり・不登校支援などをテーマにした公募が随時実施されます。JANPIAから直接ではなく「資金分配団体」経由で申請します。金額は公募テーマにより数百万円〜数千万円規模まで幅広い。※現在の公募状況は「休眠預金活用プラットフォーム」でご確認ください。
赤い羽根福祉基金
「制度のはざま」の社会課題に取り組む先駆的・モデル的活動への助成。不登校・子どもの居場所分野の採択実績あり。※各都道府県共同募金会の地域助成（赤い羽根共同募金の配分）も別途あります。金額は募集要項でご確認ください。
キリン福祉財団 公募助成
「キリン・地域のちから応援事業」（地域のボランティア活動支援・1件上限30万円程度）と「キリン・福祉のちから開拓事業」（児童・青少年支援等の全国的活動・上限100万円程度）の2本立て。任意団体でも応募可能な制度です。※金額は年度により変動します。必ず公式の募集要項をご確認ください。
SOMPO福祉財団 助成
「住民参加型福祉活動資金助成」（1件30万円）のほか、「NPO基盤強化資金助成」（組織・事業活動の強化、認定NPO法人取得支援）など、団体運営の足腰を強くする助成が特徴です。※プログラムごとに年間スケジュールがあります。
丸紅基金 社会福祉助成金
児童・青少年支援、ひきこもり支援、生活困窮者支援、地域コミュニティ活動などの社会福祉事業への助成。2026年度（第52回）は助成総額最大3億円、1件あたり1万円単位で上限300万円。申込者（実施主体）は原則として社会福祉法人・NPO法人などの非営利法人であることが要件です。
大和証券財団 ボランティア活動助成
子ども・青少年の健全育成活動を含む幅広い活動を支援。1件上限30万円程度。※金額・時期は目安です。公式の募集要項をご確認ください。
ノエビアグリーン財団 助成
子どもの健全育成に関わる体験活動・スポーツ・学習支援等を行う団体への助成。※金額は募集要項でご確認ください。
みてね基金
子どもや子育て領域の課題に取り組む団体への助成。公募期ごとにテーマが設定されます。※金額・時期は公式サイトでご確認ください。
お金をまわそう基金
子ども分野を含む非営利活動への助成。寄付とマッチングする形の支援です。※金額は公式サイトでご確認ください。
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